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Die Juniorprofessur wurde Anfang 2002 mit der Fünften Novelle des Hochschulrahmengesetzes in Deutschland eingeführt. Der Versuch, die Juniorprofessur per Hochschulrahmengesetz zum alleinigen Zugangsweg zu einer Professur zu machen, wurde 2004 vom Bundesverfassungsgericht unterbunden.
Ziel dieser Neuerung war es, jungen Wissenschaftlern mit einer hervorragenden Promotion einen Zugang zu Forschung und Lehre zu verschaffen, ohne dass davor die Habilitation als zeit- und kraftraubende Barriere steht. Zudem sollte das Alter bei der Erstberufung zum Professor gesenkt werden, die internationale Anschlussfähigkeit hergestellt, die Zahl von Frauen und ausländischen Wissenschaftlern erhöht und die wissenschaftliche Karriere besser planbar gemacht werden.
Juniorprofessoren werden in der Regel für drei Jahre angestellt oder verbeamtet. Danach folgt eine Zwischenevaluation, die bei positivem Ausgang zu einer Verlängerung des Arbeitsverhältnisses um weitere drei Jahre führt. Bei negativem Ausgang, wenn also die wissenschaftliche Karriere als nicht möglich eingestuft wird, kann das Arbeitsverhältnis um ein Jahr verlängert werden, um den Übergang in den Arbeitsmarkt leichter zu machen.
Je nach Landesrecht kann nach einer weiteren Evaluation nach Ablauf der drei Verlängerungsjahre der Juniorprofessor auf eine Lebenszeitprofessur übernommen werden.
Die Voraussetzungen für eine Juniorprofessur sind in der Regel ein abgeschlossenes Hochschulstudium, pädagogische Eignung und eine besondere Befähigung zu selbständiger wissenschaftlicher - die meist durch eine hervorragende Promotion bewiesen wird - oder künstlerischer Arbeit. Im Bereich Medizin ist meist die Anerkennung als Facharzt erforderlich.
Die Befristungsregel besagt, dass die Promotionsphase und unter Umständen die Beschäftigung als wissenschaftlicher Mitarbeiter nicht mehr als sechs Jahre dauern darf.
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